DAPI是一種可與DNA的小溝結合的細胞滲透性熒光探針，它可與雙鏈DNA結合，發出藍色熒光，熒光強度是自身的20倍。瓊脂糖凝膠電泳DNA的染色中DAPI的染色效果是溴化乙淀的數倍。DAPI也能對RNA染色，染色機理是其可以選擇性嵌入“AU序列"并發出熒光。
DAPI常用于細胞凋亡檢測，染色后用熒光顯微鏡觀察或流式細胞儀檢測。盡管DAPI不能通過活細胞膜，但卻能穿透擾亂的細胞膜而對核染色。DAPI具有很高的光漂白承受水平，能用來檢測酵母線粒體DNA，葉綠體DNA，病毒DNA，支原體DNA以及染色體DNA。
DAPI-DNA復合物的最大激發光為364nm，最大發射光為454nm。DAPI水溶液在349nm處和263nm處有吸收峰。它可以與熒光素二乙酸酯結合使用用于成熟花粉粒細胞核的活體染色。
使用方法：
1. 配制方法：用1mL ddH2O將DAPI溶解，制得2.9mM的DAPI溶液(1mg DAPI/1mL H2O)。取適量DAPI水溶液加到PBS或雙蒸水中，制備成10～50µM的DAPI工作液。
注：DAPI不能直接用PBS等緩沖溶液溶解，需要先用水將其溶解。
2. 使用濃度：0.5-10 μg/mL
3. 使用方法：
A：固定的細胞或組織染色：
1) 對于固定的細胞或組織樣品，固定后，適當洗滌去除固定劑。DAPI染色通常在其他染色的最后進行。如果不需要進行其它染色，則直接進行DAPI 染色。
2) 對于貼壁細胞或組織切片：加入適量DAPI染色液，覆蓋住樣品即可。
3) 對于懸浮細胞：至少加入待測染色樣品體積3倍的染色液，混勻。室溫放置3-5分鐘。
4) 吸除DAPI染色液，用TBST、PBS或生理鹽水洗滌2-3次，每次3-5分鐘。
5) 用帶有360nm激發波長，460nm發射波長的濾光片的熒光顯微鏡觀察細胞。
B：活細胞或組織染色：
1) 細胞培養物中加入適量DAPI染色液，約1/10細胞培養基體積，必須充分覆蓋住待染色的樣品。通常對于6孔板一個孔需加入1 mL染色液，對于96孔板一個孔需加入100 μL染色液。
2) 在 37℃培養細胞 10～20 分鐘。
3) 用 PBS或合適的緩沖液洗細胞兩次。
4) 用帶有360nm激發波長，460nm發射波長的濾光片的熒光顯微鏡觀察細胞。
儲存溫度：2-8℃干燥避光保存。
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